Ce site tout en longueur (plus de 50 kilomètres de Seyssel à Saint-Genix-les-Villages) comprend les portions de Rhône naturel court-circuité (Chautagne, Belley et Brégnier-Cordon en partie) et des milieux d’eau calme issus notamment des grands aménagements du fleuve par la CNR dans les années 1980. La partie sud du site Natura 2000, se superpose au périmètre de la RNN dont le syndicat est gestionnaire. L’intérêt majeur du site tient à la juxtaposition d’habitats très diversifiés (eaux douces, forêts, pelouses sèches, bancs d’alluvions…). Il compte 8 habitats d’intérêt communautaire, dont 4 sont dits « prioritaires » : Cladiaies (marais des Planches), Saulaies blanches, Aulnaies-frênaies, Aulnaies blanches submontagnardes (ripisylves et forêts alluviales du Rhône). De nombreuses espèces d’intérêt communautaire sont aussi présentes sur le site comme le Martin-pêcheur, le Milan noir (oiseaux), le Castor d’Europe, la Bouvière ou la Lamproie de Planer (poissons), la Cistude d’Europe, le Sonneur à ventre jaune (reptiles), le Lucane cerf-volant ou l’Agrion de Mercure (insectes)…  L’altération de la dynamique du fleuve consécutive aux grands aménagements des XIXe et XXe siècles, l’assèchement et la stabilisation de certains milieux ; l’abandon de pratiques agricoles traditionnelles et l’essor de la culture du peuplier ont favorisé l’altération voire la disparition des habitats naturels indigènes du fleuve et de sa plaine inondable. La gestion de la fréquentation est également devenue une préoccupation majeure.